Ribjo združbo v Bohinju določata Bohinjsko jezero in Sava Bohinjka. Ti dve dokaj različni vodni okolji nudita primerne življenjske pogoje različnim vrstam rib. Ene vrste so izključno vezane na tekoče vode, druge na mirne vode jezera, tretje uporabljajo obe vodni okolji.

Jezerska postrv
Jezerska postrv
Je bila do vnosa jezerske zlatovčice dominantna riba Bohinjskega jezera. Jezerke v jezeru so dosegale teže do 20kg in velikosti do 220 cm. Še vedno jih je v jezeru kar nekaj, a je njihovo število manjše tudi zaradi intenzivnega izlova v preteklosti. Ogrožene so tudi zaradi vnosa jezerskih postrvi iz drugih okolij, celo iz Ohridskega jezera v Makedoniji.
Jezerska postrv je zelo podobna potočni postrvi po obliki telesa. Od potočne postrvi se razlikuje po izrazito posejanem hrbtu s črnimi pikami različnih oblik.
Trebuh je svetel, repna plavut je pri odraslih ribah skoraj ravna, dok je pri mlajši ribi zarezan.Spolno zreli samci Jezerske postrvi imajo spodnjo čeljust posebno starejši zakrivljeno navzgor.
Jezerke se najraje zadržujejo v globinah ob izlivih hudourniških pritokov in talnih izvirih (Ukanc ob izlivu Savice, ob obali pod Pršivcem, Fužinarski zaliv…), lahko pa jih opazujemo kako oprezajo za plenom čisto blizu obale, vendar je jezerka zelo plašna riba in se ji moramo približati zelo previdno. Mladice se prehranjujejo predvsem s talno hrano, odrasle postrvi pa so plenilci, ki se pretežno hranijo z ribami.
Drstijo se v jeseni – oktobra in novembra, višek drstenja je v drugi polovici oktobra, novembra in prvi polovici decembra. Ob ugodnih vodostajih pritokov prihajajo na drstišča v Savico, Mostnico in Ribnico. Po drsti se vračajo v jezerske globine. Redko se drstijo v samem jezeru ( na prodiščih hudourniških pritokov v jezero Savica in slap Govic), vendar samo ob nizkih vodostajih pritokov.

Potočna postrv
Potočna postrv
Potočna postrv je prebivalka tako Bohinjskega jezera, kot Save Bohinjke in njenih pritokov. Potočnice, ki prihajajo na drstenje v Savico, so po izgledu drugačne kot potočnice iz Save. (njihove osnovne fenotipske značilnosti ). So veliko bolj čokate in z večjimi rdečimi pegami, ki so kovinsko modro obrobljene. Samo telo potočne postrvi, ki izhaja iz jezera je ob pobočnici zlato rumene barve, kot , da je posuta z zlatim prahom. Njeno meso je zaradi načina prehranjevanja lepe rdeče barve. Zraste tudi do 60 cm in več.Potočna postrv,ki živi v Savi ne doseže take dolžine, nima ob pobočnici tako lepe zlato rumene barve in ne tako velikih rdečih peg in ne tako lepe rdeče barve mesa, kot potočnica, ki živi v jezeru. To kaže na možnost, da so v Bohinju, poleg jezerke, obstajale različne oblike potočnih postrvi, ki se zaradi različnega kraja ali časa drstenja med seboj niso križale. V Evropi je takih primerov sobivanja različnih oblik potočne postrvi kar nekaj. Zato bodo rezultati genetskih raziskav, ki se že vršijo na bohinjskih potočnih postrvih zelo zanimivi.
Tako kot v ostale vode v Sloveniji, so bile v preteklosti tudi v bohinjske vode vložene potočnice iz drugih donavskih in celo atlantskih porečij. Zato je v Savi in večini pritokov težko najti bohinjsko potočno postrv. Te se ostale le v zgornjih tokovih nekaterih pritokov, kot so Mostnica, Suha, Jereka in Ribnica. Značilnost teh postrvi je ( kratek opis ), da živijo v zelo težkih pogojih, saj so to vode hudourniškega značaja v katerih je manj hrane in temu primerno so prilagodile svoje življenjske navade.Telo teh potočnic je bolj valjaste oblike od savske potočnice. Repna in tolsta plavut sta pri tej potočnici zelo izrazito rdeče barve, meso je bolj nežno rdeče včasih skoraj rumeno obarvano. Rdeče pege so manjše in dokaj gosto posejane, ter se mešajo po celotnem telesu s črnimi pegami. Ti ohranjeni ostanki prvotnih potočnic in postrvi, ki se prihajajo drstiti v Savico bodo osnova za repopulacijo potočne postrvi v Bohinju.
Potočna postrv se hrani predvsem s talnimi nevretenčarji, rada se pride hraniti tudi z žuželkami na gladino vode, večje ribe so tudi ribojede.
Drsti se konec jeseni v začetku zime, višek drstenja je v novembru. Najpomembnejša drstišča so v pritokih Save, v Mostnici, Ribnici, Belci, Bezdeni in kot že rečeno v Savici, drsti pa se tudi v Savi. Zaradi povečanega jemanja gramoza iz struge Save, je ob nižjih vodostajih dostop plemek potočne postrvi iz Save na drstišča v pritoke otežen, včasih celo onemogočen.

Lipan
Lipan
Naseljuje reko Savo, dele njenih pritokov in jezero. Najlepši lipanski revir pa je spodnji tok Mostnice, na katerega so Bohinjski ribiči posebej ponosni.
Lipan, ki živi Savi Bohinjki ima močno sploščeno telo, izbočen hrbet in značilno visoko in dolgo hrptno plavut lepih mavričnih barv, ki je videti kot šahovnica. Telo je pokrito s sorazmerno velikimi luskami. Na glavi ni luskin je dokaj majhna z rahlo podstojnimi usti,ki imajo mehke ustnice. Savski lipan se najraje zadržuje ob curkih in prelivih. Tam ga ribiči tudi najlažje opazijo, saj ga izdajajo čudovito obarvane plavuti, ki so oranžno rdeče barve.
V zadnjem desetletju so populacijo lipana zdesetkali kormorani, slabo pa na lipana vpliva tudi slabša kvaliteta vode v Savi in povečano jemanje savskega gramoza. Lipan se hrani s talnimi nevretenčarji, ker pa se zelo rad hrani tudi z žuželkami na gladini vode, je zelo pomemben za športni ribolov – muharjenje. V Bohinju se lipan drsti aprila in v začetku maja. Drstišča si izbira v reki Savi, Mostnici in Ribnici najpomembnejša so Brod, Kamnje, Polje in Laški Rovt na Savi, spodnji tok Mostnice in Ribnice.
V Bohinju se je pričela tudi umetna reja lipana v Sloveniji. Ta je slonela na plemenkah iz Save in na jezerskem planktonu, kot viru prve hrane za lipanski zarod. Na žalost je bila vzreja v zadnjih letih opuščena in ribogojnica pod Pršivcem propada. Bohinjski ribiči moramo tako na novo začeti z rejo lipana in ohraniti tradicijo.
V Bohinju najdemo še kopico drugih domorodnih – avtohtonih vrst rib.
Menek je prebivalec jezera. V zadnjih letih njegov ulov v jezeru upada. To je lahko povezano tudi s spremembo načina ribolova jezerske zlatovčice.
Klen naseljuje jezero in Savo. Na jezeru se da videti cele jate klenov, ki se »sončijo« pod gladino. V Savi je število klenov zmanjšala povečana prisotnost sulca.

Sulec
Sulec je bil v Savi le občasen gost. Danes ga je zardi intenzivnega vlaganja več, kar se pozna na številu savskih belic.
Populacija blistavca je stabilna tako v jezeru, kot v Savi. Enako velja za populacijo kleniča.
Glavač je v Savi v upadanju. Vzrok je lahko tako kvaliteta vode, kot jemanje proda. Populacija v jezeru je dobra.
Pisanec je bil včasih glavna vaba za lov jezerske zlatovčice. Danes pa njegova populacija upada zardi prisotnosti ostriža, ki se je pojavil v jezeru.
Posebno v pritokih Save najdemo tudi pohro. Tu so najlažje najdemo tudi rake koščake.
Bohinjske vode niso bile izvzete iz vlaganj tujerodnih – alohtonih vrst rib.
Prva je bila leta 1943 vnesena jezerska zlatovčica. Prilagodila se je razmeram v jezeru in se pričela uspešno drstiti in postala najštevilčnejša postrv v Bohinjskem jezeru. Tu zrase do velikosti 70 in teže 4,6 kg.
Zlatovčice se najraje zadržujejo v Fužinarskem zalivu, v globinah vzdolž Pršivca in v Ukancu ob izlivu Savice. Hrani se z jezrskim planktonom, talnimi organizmi in manjšimi ribami. Drstijo se v samem jezeru oktobra in novembra, največje plodišče pa je pod slapom Govic.
Ne glede na to, da je jezerska zlatovčica tujerodna riba, je zelo pomembna za športni ribolov. Zaradi svoje kulinarične vrednosti mora v prihodnosti pridobiti večjo vlogo v gostinski ponudbi Bohinja.

Šarenka
V Savi je prisotna tudi potočna zlatovčica. V preteklosti se jo je intenzivno vlagalo. Opaziti je tudi njene mladice, kar kaže, da se je začela uspešno naravno razmnoževati.
Šarenka se vlaga v Savo. V zadnjih letih se vlaga le sterilne ribe. Ne glede na to, se tudi v Bohinju šarenka že uspešno naravno razmnožuje.
Zadnji prišlek je ostriž. V jezero je prišel kot vaba za jezersko postrv in se kot že v mnogih primerih po svetu, iz vabe spremenil v prebivalca jezera. Število ostrižev hitro narašča. Ker je uspešen plenilec, se njegov vpliv že pozna na populaciji pisanca, ogrožene pa so tudi ostale populacije rib, ki naseljujejo jezero.